La Brenne, comme beaucoup de zones naturelles, doit en grande partie sa richesse écologique aux activités humaines. L'utilisation du paysage à des fins agricoles et piscicoles a favorisé l'implantation d'espèces adaptées, voire spécialisées, dont à l'heure actuelle, les populations ou les aires de répartition se réduisent rapidement. Un programme ambitieux de suivis scientifiques a permis d'évaluer en continu l'état de conservation des habitats et des espèces ; des études complémentaires se sont intéressées aux espèces à enjeux (canards hivernants, guifettes...), aux groupes mal connus (papillons, chauves-souris...) ou à des problématiques nouvelles (sangliers...).
Les résultats ont été utilisés pour définir les objectifs du plan de gestion actuel. La conservation de ce patrimoine est liée aux activités pastorales et piscicoles traditionnelles, ainsi que par des interventions de gestion ou d'aménagement programmées.